员工因失职导致货物丢失需赔偿，法律依据为《工资支付暂行规定》。员工非盗窃者无赔偿义务，但因失职造成损失需担责，赔偿可从工资中扣，但每月不得超工资的20%，否则将影响员工基本生活。
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处理员工赔偿的常见方式有协商和依法扣除工资。若员工认可赔偿，可协商解决；若不认可，用人单位可依据《工资支付暂行规定》从工资中扣除，但需确保扣除后工资不低于最低工资标准。
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员工赔偿依据规定处理。操作如下：首先确认员工是否失职，若失职则与其协商赔偿；协商不成，依据《工资支付暂行规定》扣除工资，注意扣除上限，并确保剩余工资不低于最低工资。